قالت منظمة العفو الدولية إن جيبوتي واحدة من الدول التي تم فيها إساءة معاملة سجناء مختطفون من قبل الولايات المتحدة. وربط تقرير المنظمة، المبني على مقابلات مع معتقلين سابقين اشتبه في علاقتهم بالارهاب، بين عمليات نقل المعتقلين التي قامت بها الولايات المتحدة وبين تعذيبهم وإساءة معاملتهم.

من جانبها أصرت واشنطون على أنها لا ترسل معتقلين إلى الأماكن التي يمكن أن يتعرضوا فيها للتعذيب، فيما قالت وكالة المخابرات المركزية، السي أي أيه، إنها على علم بتقرير منظمة العفو الدولية، لكنه رفضت التعليق عليه. ووفقا لتقرير منظمة العفو الدولية والمعنون بـ"بعيدا عن الرادار: رحلات التعذيب و"الاختفاء" السرية"، فإن المواطن اليمني محمد الأسد قال إن مسئولين أميركيين من مكتب التحقيقات الفيدرالي، الأف بي أي، استجوبوه في جيبوتي وأن صورة لرئيس جيبوتي إسماعيل عمر غيلة كانت معلقة على حائط الغرفة التي تم فيها استجوابه. وقال محمد إنه أمضى حوالي أسبوعين في جيبوتي، فيما قال التقرير إنه تم اعتقاله في عاصمة تنزانيا، دار السلام، في 26 ديسمبر/كانون الأول 2003 ثم تم نقله منها في وقت ما قبل فجر اليوم التالي. وأضاف التقرير قائلا: "مصادر في تنزانيا قالت إن محمد الأسد قد تم ترحيله إلى جيبوتي على متن طائرة أمريكية صغيرة" وأنه "وفقا لتقارير صحفية فإن 800 أمريكي، وهم جزء من قوة لمكافحة الإرهاب، قد تم وضعهم في جيبوتي في نهاية عام 2002، وأن موقعهم هو قاعدة تستخدمها طائرات بدون طيار تابعة للسي أي أيه". ومن جيبوتي تم نقل محمد الأسد إلى موقع آخر يعتقد أنه في أوروبا. ومحمد هو أحد ثلاثة يمنيين تم التركيز على قضيتهم في التقرير. والاثنان الآخران يعتقد أنه تم احتجازهما في أفغانستان قبل نقلهم إلى أوروبا. ويقدم التقرير الذي يقع في 15000 كلمة تفاصيل عن التجارب التي تعرض لها الرجال الثلاثة والذين يقولون إنهم قد احتجزوا على الأقل في أربعة سجون أمريكية سرية بين أكتوبر/تشرين الأول 2003 ومايو/آيار 2005. وقال منظمة العفو الدولية إن الرجال الثلاثة قد جرى احتجازهم لثلاثة عشر شهرا في مكان يدعى "الموقع الأسود"، وهو سجن سري يعتقد أن إدارته تقوم بها السي أي أيه، قبل أن يتم إرجاعهم إلى اليمن. وفي إفادتهم قدم الرجال الثلاثة وصفا مفصلا لعدد الرحلات التي نقلوا فيها بين سجون الولايات المتحدة السرية، كما قدموا وصفا لاختلاف المناخ والساعات التي قالت منظمة العفو الدولية إنها جرى فيها اعتقالهم في جيبوتي وأفغانستان ومكان ما في أوروبا الشرقية. مراسل البي بي سي، روب واتسون، قال إنه بالرغم من أن التقرير ينتقد بشدة التعامل الأمريكي مع المشتبه في قيامهم بعمليات إرهابية، إلا أنه لم يقدم أي إفادات للرجال الثلاثة بأنه تم تعذيبهم من قبل مختطفيهم الأمريكيين. ولم توجه إلى أيا من الرجال الثلاثة اتهامات بأنهم كانوا على صلة بأية عمليات إرهابية. وكانت الحكومة الأمريكية قد قالت أن عمليات نقل المشتبه بهم قد جرت وفقا للقانون الأمريكي والقانون الدولي. لكن منظمة العفو الدولية قالت إن السي أي أيه تتفادى إعلام السلطات المحلية بالطائرات الخاصة التابعة لها والتي تقوم بالهبوط في مطارات تلك السلطات، وذلك على عكس الطائرات الحكومية أو العسكرية. وقد حذرت المنظمة الحكومات حول العالم من أنها قد تجد نفسها "متورطة في انتهاكات خطيرة لحقوق الإنسان"، ودعتهم إلى اتخاذ خطوت لمنع عمليات نقل السجناء.